Đây là phương pháp đặc trưng được dùng trong nghiên cứu kinh tế chính trị.
Mác (1976, Quyển thứ nhất, tập I, trang 14) cho rằng khi phân tích những hình thái kinh tế thì người ta không thể dùng kính hiển vi hay những chất phản ứng hóa học được. Sức trừu tượng phải thay thế cho cả hai cái đó. Phương pháp trừu tượng hóa khoa học là gạt bỏ những cái không quan trọng, tạm thời, không phổ biến ra khỏi quá trình kinh tế được nghiên cứu, hoặc là tạm gác lại một số nhân tố nào đó nhằm tách ra những cái điển hình, ổn định, phổ biến, nhờ vậy mà nắm được bản chất của quá trình kinh tế đó. Trừu tượng hóa khoa học gắn liền với quá trình nghiên cứu đi từ cụ thể đến trừu tượng, nhờ đó tìm ra được những khái niệm và quy luật kinh tế. Và nó cũng được bổ sung bằng một quá trình ngược lại là đi từ trừu tượng đến cụ thể, tuy nhiên, cái cụ thể ở đây không phải là cái cụ thể trực quan mà là cái cụ thể đã được nhận thức và giải thích bởi những luận cứ khoa học.
Vận dụng phương pháp này trong luận án: luận án chỉ tập trung nghiên cứu những vấn đề có liên quan đến chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế, những yếu tố ảnh hưởng tới sự hình thành và chuyển dịch cơ cấu ngành kinh tế trong quá trình CNH, HĐH về mặt lý luận và thực tiễn ở vùng ĐBSCL.
Trong phương pháp trừu tượng hóa khoa học thì điểm xuất phát giữ vai trò quan trọng cho định hướng phân tích và nghiên cứu. Trong đề tài này, luận án lấy mối quan hệ giữa các ngành kinh tế làm điểm xuất phát vì đây là nội dung của khái niệm cơ cấu ngành kinh tế.